Backofen auf 210 °C Ober-/Unterhitze vorheizen. Ein großes Backblech mit Backpapier belegen.
Hokkaido waschen und entkernen, samt Schale in etwa 3 cm große Stücke schneiden. Apfel entkernen und in grobe Stücke teilen. Zwiebel vorbereiten und in Spalten schneiden.
Kürbis, Apfel und Zwiebel mit Olivenöl vermengen, auf dem Blech verteilen. Thymian dazulegen und bei 210 °C etwa 30–35 Minuten rösten, bis der Kürbis weich ist. Knoblauch für die letzten 15 Minuten mit aufs Blech geben, damit er nicht verbrennt.
Thymianzweige entfernen, gegarte Blättchen bei Bedarf abstreifen. Gemüse zusammen mit 650 ml heißer Gemüsebrühe in einen großen Topf geben.
Alles vorsichtig fein pürieren. Ist die Suppe zu dick, etwas weitere Brühe zugeben. Mit Zitronensaft, Salz und Pfeffer abschmecken und kurz gründlich erhitzen.
Auf vier Schalen verteilen und optional mit gerösteten Kürbiskernen sowie wenigen Thymianblättchen garnieren.